gene-struct.htm

A gén szerkezete

 

 

A fehérjelánc felépítési kódját a kódoló régióban elhelyezkedő bázisok sorrendje határozza meg,

erről a szakaszról íródik át a mRNS.

Az átírást a gén környezetében található szabályozó régiók működése határozza meg.

 

 

a promóter és…

 

RNS Polomeráz II binds to a sequence called the start site (INI). 

Pol II is really a complex of approximately 12 different proteins.

 

The TATA box, contained in most mammalian promoters binds to TFIID (composed of TATA binding protein, TBP and 14 other proteins).  It also interacts with TFIIB, which binds both TATA and the RNA Pol complex.

 

 

 

Regulatory Transcription factors

 

Function of TF-site

 

Promoter module

 

TF recognition sites are short stretches of DNA (10-20 nts)

that are conserved in sequence

to allow recognition by a corresponding protein transcription factor.

 

 

Enhancers

 

 

 

 

Transcription Factor Families (sorted by protein structure)

*   SuperClass: basic domains

n    Class: Leucine Zipper (bZIP)

n    Class: Helix-Loop-Helix (bHLH)

n    Class: bHLH-ZIP

n    Class: NF1

n    Class: RF-X

*   SuperClass: Zinc Coordinating DNA binding

n    Class: nuclear receptors

n    Class: GATA-factors

n    Class: Zinc finger domain

n    Class: Zinc cluster

*   SuperClass: Helix-Turn-Helix

n    Class: Homeo-domain

n    Class: POU

n    Class: Homeodomain with LIM region

n    Class: Paired box

n    Class: Forkhead/winged helix

n    Class: Heat shock factor

n    Class: Tryptophan clusters

n    Class: TEA domain

*   SuperClass: beta-Scaffold Factors

n    Class: RHR (NF-kappaB1)

n    Class: STAT

n    Class: p53

n    Class: MADS box

n    Class: beta-Barrel alpha helix

n    Class: TATA binding proteins

n    Class: HMG (SOX)

n    Class: CCAAT factors

n    Class: Grainyhead

n    Class: Cold-shock domain factors

n    Class: Runt

*   SuperClass: Others

n    Class: Copper Fist proteins (fungus)

n    Class: HMG (Y)

n    Class: Pocket Domain (Rb)

n    Class: E1A-like factors

n    Class: AP2

n    Class: Tub

 

 

E1A and its multiple binding domains

 

Fig. 3

 

 

 

 

 

 

Class A/I

általános specificitás

Homo- v. heterodimerizáció

 

Class B/II

szövetspecificitás

általában heterodimerizáció

 

Class V

Negatív regulátorok

heterodimerizáció Class I és II TF-kkal